Métagenomique de la flore intestinale état des lieux

Abstract

La flore intestinale correspond à l'ensemble des microorganismes qui résident notre tractus digestif, ces fonctions sont nombreuses : barrière contre les pathogenèses, immunomodulation et métabolisme divers dont la fermentation. Le déséquilibre de la flore intestinal, dénommé dysbiose, est lié aux plusieurs facteurs tels que les antibiotiques, l'alimentation, le stress…etc. Les changements significatifs dans la composition de la flore intestinale provoquent de nombreuses maladies comme l'obésité, diabète de type 2, les cancers et les maladies inflammatoires chroniques de l'intestin. Les manipulations thérapeutiques du microbiote peuvent utiliser des antibiotiques mais aussi des microorganismes probiotiques et substrat prébiotiques et la transplantation de microbiote fécal. L'étude de ce système microbien est brutalement accélérée ces dernières années grâce à l'avènement de techniques dites métagénomiques, qui s'affranchissent de la culture bactérienne et reposent sur le séquençage de l'ADN En effet, deux méthodes sont principalement utilisées, la première approche, plus ciblée et plus utulisée est basée sur l'amplification par PCR de la séquence complète ou partielle de l'ARNr 16S, est le plus souvent mentionné dans la recherche d'écosystème microbien. . La deuxième méthode c'est le séquençage complet de l'ensemble des génomes composant le microbiote étudié où le métagénome offre la possibilité de déterminer plus en détail les fonctions que le microbiote peut remplir.