Caractérisation Moléculaire d'un Isolat Fongique par Traitement Bio-Info rmatique

Abstract

Ce travail a pour objectif d'effectuer une analyse bio-informatique d'un extrait fongique provenant du Laboratoire de Caractérisation, Valorisation des Ressources Naturelles, Université de Mohamed El Bachir El Ibrahimi, Bordj Bou-Arreridj, afin de l'identifier. En premier lieu Des observations macroscopiques et microscopiques ont été réalisées. Donnant ainsi des résultats pas très satisfaisant, ce qui nous a motiver à l'identifier à l'aide d'autres méthodes. Une identification moléculaire de l'isolat fongique, a donc été réalisée en effectuant une caractérisation moléculaire en premier lieu qui nous a fourni les séquences des différentes régions ITS4, EF-a et LSU, ces dernières ont servi d'atout pour l'analyse bio-informatique. Ses séquences ont été traitées par divers outils et logiciels bio-informatique : le logiciel Primer3Plus a été utilisé pour la conception des amorces utilisées lors de la PCR, les logiciels Chromas et BioEdit ont été utilisés pour l'alignement et la correction des séquences issus du séquenceur, la base de donnée BLAST NCBI nous a ensuite permis de comparer les séquences et les identifier comme étant Sarocladium kiliense BbV1. Par ailleurs le logiciel MEGA X nous a permis de construction arbre phylogénétique. Et finalement notre souche a été soumisse à GenBank par l'intermédiaire de BankIt.