Exploitation des ressources et logiciels de la bioinformatique pour la reconstruction phylogénétique de certaines espèces du genre : Genista L.

Abstract

Ce travail a pour ambition d'exposer d'une manière aussi complète que possible l'une des disciplines les plus actives de la bioinformatique : la reconstruction phylogénétique. Celle-ci a pour objet de reconstruire les relations de parenté entre des espèces, en se basant sur des caractères morphologiques, des séquences de nucléotides ou d’acides aminés. Dans un premier temps, nous avons abordé la méthodologie de la reconstruction phylogénétique, depuis l'acquisition des données, jusqu'à l'inférence et l'évaluation des arbres phylogénétiques. Ensuite, nous avons utilisé les quatre différentes méthodes (UPGMA, Neighbor-Joining, Parcimonie et Maximum de Vraisemblance) pour inférer la phylogénie de 34 espèces du genre Genista sur la base des séquences ITS1 et ITS2 d'ADN ribosomique. Nos résultats ont clairement montré une forte congruence entre les groupes taxonomiques générés par les deux méthodes: Neighbor-joining et maximum de vraisemblance, et aussi, la robustesse de ces deux méthodes qui ont montré les valeurs booststrap les plus élevées. Nos résultats ne sont pas très congruents avec la classification traditionnelle basée sur des caractères morphologiques proposée par Gibbs (1966), en effet, au niveau des sections et hormis pour les deux sections: Genista et Volegera qui se sont montrées monophylétiques, toutes les autres sections se sont montrées polyphylétiques et enfin, nos résultats ont également démontré le caractère atypique de Genista saharae