Abstract:
Aujourd’hui
l’un des enjeux majeur
s
en génétique médicale
n’est plus la détection des
variations da
ns l
e génome des patients mais leur
interprétation
biologique et clinique
afin
de
mieux prendre en charge des patients et leurs apparentées
pour les
maladies monogénique
s
à
transmission mendélienne
. Dans le cas d’
APC
,
un gène suppresseur de
tumeur se manifeste
par le syndrome FAP, et prédispose au cancer colorectal,
9563 variat
ions sont répertoriées
dans la base de donnée ClinVar et
l’impact clinique de
58% d’
entre elles est inconnu
.
Cette
étude
a été réalisée
dans le but de caractériser l’effet de certaines variations
exonique
s
susceptibles d’affecter les ESR,
et
variations
I
VS
-
1+1+2
des
sites 3’ss 5’ss
d’épissage
, sur le pré
-
ARNm
du gène
APC
,
afin de contribuer à leur classification
selon les
recommandations
ACMG
.
La méthode
in silico
(bases
de d
onnées et logiciels de prédictions bio
-
i
nformatique)
nous a servie pour la
sélection
d
es variations et l
es exons d’
intérêts 5, 6, et 11
. De plus,
l’
effet de ces
variations
a été étudié
par le
test indicateur d’anomalie d’épissage minigène
.
L
a fiabilité
a été
confirmée
de
certain
s
prédicteurs bio
-
informatique sur l’effet de
cer
taines variations notam
m
ent SpliceAI
mais des améliorations sont
primordiales
pour
d
es
interprétations
cliniques.
Ce jeu de données
a
également permis de constater que
l’
interprétation
des variations ne peut pas être
généralisée
par rapport au même type
et
la
localisation
.
C
haque variation doit être
étudiée séparément dans son contexte,
car
certaines
variations +2TC n’ont aucun effet sur l’
épissage, donc des
a
nalyses supplémentaires
seront
nécessaires
afin
de
confirmer
le
s résultats
obtenus
