Analyses métagénomiques de l’écosystème microbien vaginal pour étudier sa spécificité et sa dynamique .

Abstract

Cette étude est la première dans son genre en Algérie. Elle a pour principal objectif la mise en évidence de la particularité de l’écosystème microbien vaginal chez les femmes algériennes saines, en âge de procréer et ménopausées. Elle a été réalisée sur une centaine d’échantillons vaginaux fournis par le service de gynécologie d’un établissement hospitalier privé (Bejaia, Algérie). Pour chaque femme, un examen clinique, un prélèvement vaginal et un dosage d'oestradiol ont été effectués. La composition microbienne a été déterminée par une analyse métagénomique ciblée des régions V1-V3 de l'ADNr 16S (bactéries) et des ITS1-ITS2 de l’ADNr 5,8 S (levures). Les résultats du séquençage d'Illumina ont été confirmés par qPCR. Un profil spécifique de la composition et de la dynamique du microbiote des femmes algériennes interrogées a été établi en type d'état communautaire (CST) basé sur les espèces dominantes de Lactobacillus. La composition des levures vaginales a également été abordée pendant la vie fertile et la ménopause. Toutes les données concernant les paramètres physiologiques des femmes ont été exploitées afin de voir le lien possible entre ces derniers et la composition du microbiote ou du mycobiote vaginal. Aucune corrélation n’a pu être établie entre les fluctuations hormonales, l’indice de masse corporelle et la composition microbienne de cette niche. Connaître la composition des communautés vaginales stables en état homéostatique est devenu un objectif médical principal pour les femmes algériennes. Des probiotiques personnalisés ainsi que des analyses d'exposome personnalisées